Редкие и исчезающие виды
Природные экосистемы национального парка "Ладожские шхеры" отличаются чрезвычайной экологической хрупкостью и требуют охраны. Особое значение имеет эта территория для сохранения животных и растений, охраняемых на федеральном уровне и занесенных в Красную книгу Российской Федерации.
Среди охраняемых видов животных, встречающихся на территории национального парка «Ладожские шхеры» насчитывается: млекопитающих – 19 видов; птиц – 31 вид; пресмыкающиеся – 1 вид; земноводных – 1 вид; костных рыб – 12 видов; насекомых – 31 вид. Все эти виды включены в перечни Красных книг России, Карелии или/и Восточной Фенноскандии.Растительный мир
На территории национального парка произрастает охраняемый в России прострел весенний (находящийся в крайнем северо-восточном пункте ареала), венерин башмачок настоящий, лобелия Дортмана, надбородник безлистный, мокричник весенний (находящийся здесь в изолированном и отстоящем на 2 тыс. километров от основной части ареала местонахождении).
Встречаются редкие охраняемые виды мохообразных, в том числе неккера курчавая, неккера перистая, гриммия беззубцовая, псора шароносная.
В водных сообществах обнаружен охраняемый в России полушник колючеспоровый, полушник озерный.
Встречаются редкие охраняемые в Карелии виды лишайников, часть из которых внесена в Красную книгу России. Среди них: менегацция пробуравленная, лобария легочная, стереокаулон пальчатолистный, фисция темная, аспицилия собачья, бриория Фремонта. Лишайник лептохидиум белореснитчатый кроме скалы Хауккариутта и о. Палосари в Карелии обнаружен только на о. Валаам.
...
Животный мир
На территории национального парка встречается тритон гребенчатый (Triturus cristatus), а также уж обыкновенный (Natrix natrix) занесенный в Красную книгу Карелии.

Характерные северные виды, например, лесной северный олень (Rangifer tarandus fennicus), росомаха (Gulo gulo) и др. стали на этой территории очень редки или исчезли. Встречаются красная и красно-серая полевки (Clethrionomys rutilus, C. rufocanus). Только на территории парка в Карелии известна садовая соня (Eliomus quercinus).