Контроль за соблюдением природоохранного режима на территории национального парка осуществляет государственная инспекция в области охраны окружающей среды.
Национальный парк «Ладожские шхеры» является особо охраняемой природной территорией федерального значения. На территории национального парка государственный надзор в области охраны и использования особо охраняемых природных территорий федерального значения, а также в области охраны, воспроизводства и использования объектов животного мира и среды их обитания осуществляется должностными лицами ФГБУ Национальный парк «Ладожские шхеры», которые являются государственными инспекторами в области охраны окружающей среды парка.
К охране территории национального парка "Ладожские шхеры" могут привлекаться работники правоохранительных органов, их рейды на территории национального парка проводятся совместно с должностными лицами Учреждения (ФГБУ Национальный парк «Ладожские шхеры»), являющимися государственными инспекторами в области охраны окружающей среды.
Государственная инспекция национального парка осуществляет производство по делам об административных правонарушениях в соответствии с законодательством Российской Федерации.