На территории национального парка преобладают лесные сообщества. Представлены также сообщества болот, лугов, прибрежно-водных и водных растений, скальные комплексы растительности.
Лесные сообщества
Практически все леса на территории национального парка в прошлом подвергались сплошным или выборочным рубкам и представлены вторичными сообществами. Избежали рубок только небольшие по площади фрагменты разреженных сосняков скальных на вершинах сельг и на вдающихся в Ладожское озеро скальных мысах, а также на наиболее крутых скальных склонах.
В настоящее время леса испытывают слабое лесохозяйственное воздействие. В этой связи большинство производных лесов на территории сохраняют черты естественного биоразнообразия, в составе их флоры и фауны много представителей групп, рассматриваемых как индикаторы ненарушенных лесов.
По породному составу преобладают хвойные леса, которые занимают около 85% территории, из них сосновые – 90% и еловые – около 10%.
Сосняки тяготеют к области распространения ледниковых отложений, представленных песками и супесями, а также к сельгам с маломощным покровом четвертичных отложений. Представлены как чистыми, так и чаще смешанными насаждениями с участием ели и березы. Превалируют сосняки черничные (52% всех насаждений).
Еловые леса тяготеют к супесчаным моренным завалуненным отложениям, террасированным равнинам с морскими и озерными супесями, суглинками и глинами, нижним частям склонов и подножиям сельг. Наиболее широко представлены ельники зеленомошной группы типов леса (черничные, травяно-черничные, кисличные), нередко встречаются ельники неморально-разнотравные.
На лиственные насаждения приходится около 15% лесопокрытой площади, в том числе на березняки – 13, сероольшаники – около 2, осинники – менее 1%.
Березняки в Приладожье являются производными типами леса, они сформировались на месте вырубок, подсек, сельхозземель.
Леса отличаются богатым флористическим составом: в сосняках выявлено 215 видов сосудистых растений, в ельниках – 248, в березняках – 277.
По возрастной структуре преобладают леса, не достигшие возраста спелости – средневозрастные и приспевающие. Доля спелых и перестойных лесов составляет около 30%.
Сообщества болот
На территории национального парка встречаются все типы болот Карелии, кроме аапа-болот. Преобладают болотные массивы верхового типа, так как переходные и низинные болота давно освоены человеком и в естественном состоянии практически не встречаются.
Большинство болот образовались путем заторфовывания водоемов, расположенных в бессточных и полузамкнутых котловинах тектонического происхождения. Торф отлагался на слой донных сапропелей или непосредственно на озерные глины. На первых стадиях процесса господствовали низинные и переходные болота, которые постепенно сменялись мезо-олиготрофными и верховыми.
Сейчас болота занимают около 5% площади Северного Приладожья. На открытые болота приходится не более 1–2%. Преобладают лесные, в основном сосновые (около 65%) болота. В целом заболоченность (с учетом заболоченных лесов) не превышает 15%.
Открытые, а также значительная часть облесенных болот давно освоены человеком, осушены и на них созданы сельхозугодья. На некоторых бывших осушенных болотах в настоящее время сформировались средневозрастные и приспевающие березовые насаждения.
На высоких отметках в замкнутых западинах поверхности кристаллических пород формируются специфические для данного типа ландшафта сфагновые «сельговые» или «висячие» болота, питание которых происходит за счет атмосферной влаги и выклинивающихся трещинных вод.
Сообщества лугов
Сельскохозяйственные угодья в районе расположения национального парка занимают около 10% сухопутной территории. В большинстве своем (кроме сенокосов и пастбищ на землях лесного фонда) они не вошли в состав национального парка. В структуре сельскохозяйственных угодий преобладают луга. Их используют как сенокосы и пастбища, часть из них заброшены.
Почти все луга являются вторичными и возникли на месте осушенных болот и сведенных лесов. Лишь по берегам рек и озер на первых террасах узкой полосой (до 5 м, обычно не более 1–2 м) встречаются луга естественного происхождения.
Северное Приладожье всегда считалось благоприятным и лучшим регионом в Карелии для произрастания наиболее ценных луговых растений, особенно злаков. Особенно хорошо луговая растительность развивается и сохраняется на островах.
В настоящее время повсеместно наблюдается зарастание лугов древесной растительностью. Пионеры зарастания – ольха серая (Alnus incana), береза повислая ( Betula pendula), ива козья, филиколистная и ушастая (Salix caprea, S. phylicifolia, S. aurita).
Сообщества водной и прибрежно-водной растительности
В шхерной части распространены 3 типа литорали (приливно-отливные зоны): скалисто-глыбовая, каменистая и песчаная. Преобладают две первые. Скалисто-глыбовая литораль постоянно находится под действием прибоя и лишена растительности.
Каменистая литораль также неблагоприятна для поселения растений, однако между камнями иногда накапливается мелкозернистый материал и развиваются разреженные ассоциации рдеста пронзеннолистного (Potamogeton perfoliatus) и шелковника вильчатого (Batrachium peltatum), а вдоль береговой кромки – узкой полосой ассоциации тростника (Phragmites australis), ситняга болотного (Eleocharis palustris), осоки острой (Carex acuta) и канареечника (Phalaroides arundinacea). Песчаная литораль, подверженная прибойным волнам, также лишена растительности, за исключением затишных участков.
Наиболее богато растительность развита в вершинных частях глубоких заливов на илистой (реже глинистой) литорали. Здесь наблюдается классический профиль зарастания: ассоциация воздушно-водных растений – ассоциация растений с плавающими листьями – ассоциация погруженных растений.
Скальные комплексы
Скальная растительность является специфической чертой Северного Приладожья.
Открытые скалы являются наиболее благоприятными для многих видов растений, как южных (например, гвоздика песчаная – Dianthus arenarius, змееголовник Рюйша – Dracocephalum ruyshiana), так и северных (пузырник Дайка – Cystopteris dickieana, осока норвежская – Carex norvegica, крупка серая – Draba cinerea, различные виды камнеломок – Saxifraga spp.).
Самая богатая флора отмечается для отвесных скал южной и юго-западной экспозиции. Сообщества скал отличаются богатым флористическим составом – на 1 м2 иногда произрастает 15–20 видов сосудистых растений.
Скальная растительность особенно богата охраняемыми видами, несмотря на то, что скальные группировки наиболее уязвимы к различным видам человеческой деятельности. Обследование некоторых скальных биотопов, давно известных как местопроизрастание редких видов, показало достаточно хорошее состояние популяций большинства ранее известных здесь видов как сосудистых, так и мохообразных и лишайников, что объясняется труднодоступностью таких мест.
Флора национального парка отличается богатством и разнообразием, что создает благоприятные предпосылки для развития познавательного и научного туризма. Так, например, в довоенной Финляндии территория нынешнего национального парка являлась популярным местом для проведения полевых практик и экскурсий для ботаников, занимающихся изучением различных групп растений.
Однако, многие популяции наиболее уязвимы к различным видам антропогенного воздействия и требуют специально разработанных мероприятий по охране.