На Ладоге численность нерп оценивается сейчас в 3,5 - 4 тысячи, вблизи Валаамских островов ежегодно держится около 600 - 700 животных, и нигде больше на озере не встречается таких крупных залежек — до 250 - 300 животных одновременно.
Нерпы оказались одним из наиболее уязвимых компонентов экосистем Ладожского озера. Загрязнение воды промышленными отходами привело к ослаблению иммунитета и резкому возрастанию заболеваемости животных. Использование снегоходов и судов на воздушной подушке, интенсивное судоходство, развитие водного туризма сильно увеличили уровень фактора беспокойства на местах щенения и отдыха тюленей.
Есть проблема взаимоотношений тюленей и рыбаков. Опытные рыбаки считают, что за последнее десятилетие нерпы стало меньше, но в сети она попадает чаще и больше объедает рыбы в сетях. С точки зрения специалистов, изменение поведения нерпы связано с сокращением рыбных запасов в озере. На Ладоге сложилась просто трагическая ситуация: по данным петербургского ученого М.В. Веревкина, за год в сетях гибнет около 10—15% всей популяции ладожской нерпы.
Еще одна серьезная угроза благополучию тюленей — потепление климата. Площадь образующегося ледового покрова на Ладожском озере мала, а образовавшиеся ледовые поля рано тают. В результате резко снижается успех размножения тюленей, и все чаще отмечаются случаи обнаружения тюленят, потерявших матерей и обреченных на гибель.