На территории национального парка «Ладожские шхеры» встречается множество охраняемых видов животных, в том числе: млекопитающих – 19 видов; птиц – 31 вид; пресмыкающиеся – 1 вид; земноводных – 1 вид; костных рыб – 12 видов; насекомых – 31 вид.
Природные экосистемы национального парка "Ладожские шхеры" отличаются чрезвычайной экологической хрупкостью и требуют охраны. Особое значение имеет эта территория для сохранения животных, охраняемых на федеральном уровне и занесенных в Красную книгу Российской Федерации.
Среди охраняемых видов животных, встречающихся на территории национального парка «Ладожские шхеры» насчитывается: млекопитающих – 19 видов; птиц – 31 вид; пресмыкающиеся – 1 вид; земноводных – 1 вид; костных рыб – 12 видов; насекомых – 31 вид. Все эти виды включены в перечни Красных книг России, Карелии или/и Восточной Фенноскандии.Вся шхерная часть является местом размножения и нагула эндемичного ладожского подвида кольчатой нерпы (Phoca hispida ladogensis), внесенного в Красные книги МСОП, России, Карелии, Восточной Фенноскандии. В 1975 г. был введен полный запрет на добычу этих животных. Из 5 тыс. нерп, которые сейчас встречаются во всем Ладожском озере, на территории парка размножается 400–500 зверей. В летнее время насчитывается еще большее количество, что свидетельствует об исключительной роли парка в сохранении данного вида.
В число промысловых рыб Карелии внесены многие редкие или находящиеся под угрозой виды. Всего под охраной находятся 11 видов, в т.ч. красноперка (Scardinius erhytrophthalmus), жерех (Aspius aspius), линь (Tinca tinca), верховка (Leucaspius delineatus), чехонь (Pelecus cultratus). Крайне редко встречается атлантический осетр (Acipenser sturio), обитают озерный лосось (Salmo salar m. sebago), озерная форель, или кумжа (S. trutta m. lacustris), подкаменщик обыкновенный (Cottus gobio).
На территории национального парка встречается тритон гребенчатый (Triturus cristatus), а также уж обыкновенный (Natrix natrix) занесенный в Красную книгу Карелии.
В Красную книгу России внесены 7 видов птиц: гнездящиеся или гнездившиеся здесь ранее беркут (Aquila chrysaetos), скопа (Pandion haliaetus), сапсан (Falco peregrinus), орлан-белохвост (Haliaeetus albicilla), филин (Bubo bubo), а также летующая атлантическая черная казарка (Branta leucopsis) и пролетный малый лебедь (Cygnus bewickii). В Красную книгу Республики Карелия внесены 23 вида, но многие из них известны только на пролете.
Характерные северные виды, например, лесной северный олень (Rangifer tarandus fennicus), росомаха (Gulo gulo) и др. стали на этой территории очень редки или исчезли. Встречаются красная и красно-серая полевки (Clethrionomys rutilus, C. rufocanus). Только на территории парка в Карелии известна садовая соня (Eliomus quercinus).
