Богатство и разнообразие флоры национального парка создает благоприятные предпосылки для развития познавательного и научного туризма, играет чрезвычайно важную роль в сохранении биоразнообразия Карелии в целом.
Всего в пределах парка встречается не менее 748 видов высших сосудистых растений. В отличие от флоры других территорий Карелии, здесь сочетаются группы как южных, так и северных видов, как восточные, «сибирские», так и западные, атлантические.
Общее число мохообразных, произрастающих в национальном парке, насчитывает около 350 видов, из которых 32 вида известны только для Северного Приладожья. Территория национального парка отличается богатой лихенофлорой – из 926 известных в Карелии видов лишайников, на территории парка встречаются не менее 700.
На территории национального парка произрастают 60 видов паразитических микромицетов. Выявлено также 75 видов дереворазрушающих (афиллофоровых) грибов, из которых 5 видов относятся к индикаторам старовозрастных лесов.
