Богатство и разнообразие флоры и фауны национального парка создает благоприятные предпосылки для развития познавательного и научного туризма, играет чрезвычайно важную роль в сохранении биоразнообразия Карелии в целом.
Многие виды растений, некоторые типы растительных сообществ встречаются на территории Республики Карелия только здесь. Особое значение имеет эта территория для сохранения видов растений, охраняемых на федеральном уровне и занесенных в Красную книгу Российской Федерации.
Среди охраняемых видов растений и грибов, встречающихся на территории национального парка «Ладожские шхеры» насчитывается: сосудистых растений – 101 вид; листостебельных мхов – 37 видов; печеночных мхов – 12 видов; лишайников – 60 видов; грибов – 3 вида. Все эти виды включены в перечни Красных книг России, Карелии и Восточной Фенноскандии.
На территории национального парка «Ладожские шхеры» преобладают хвойные леса, которые занимают около 85% территории, из них сосновые – 90% и еловые – около 10%. Остальную часть территории занимают луга и болота.
Всего в пределах парка встречается около 750 видов высших сосудистых растений. В отличие от флоры других территорий Карелии, здесь сочетаются группы как южных, так и северных видов, как восточные, «сибирские», так и западные, атлантические.
Общее число мохообразных, произрастающих в национальном парке, насчитывает около 350 видов, из которых 32 вида известны только для Северного Приладожья. Территория национального парка отличается богатой лихенофлорой – из более 900 известных в Карелии видов лишайников, на территории парка встречаются не менее 700.
На территории национального парка произрастают 60 видов паразитических микромицетов. Выявлено также 75 видов дереворазрушающих (афиллофоровых) грибов, из которых 5 видов относятся к индикаторам старовозрастных лесов.
