Территория национального парка «Ладожские шхеры» лежит между 61°00' – 61°53' с. ш. и 20°33' – 31°12' в. д.
Национальный парк включает живописную береговую полосу Ладожского озера шириной до 25 км с многочисленными заливами, проливами и островами, среди которых крупных (площадью от 100 м2 до 15 км2) насчитывается 302 – шхерную часть побережья и прилегающую акваторию. Длина береговой линии Ладожского озера в границах парка более 1000 км. Суша составляет около 56% площади парка, акватория – 44 %.
В границах национального парка «Ладожские шхеры» имеется множество используемых земель, которые не вошли в состав ООПТ. В состав парка не включены земли населенных пунктов, сельскохозяйственного назначения, иные категории земель.