В районе Ладожских шхер удивительным образом сочетаются разные виды рельефов. Каменистые и песчаные берега Ладожского озера, скальные безлесные острова, хвойные и лиственные леса, луга и болота. Этот разнообразный набор местообитаний подразумевает большое количество видов, населяющих эту уникальную территорию. По уровню биоразнообразия Ладожские шхеры превосходят все ООПТ Карелии. Здесь есть даже виды, для этих широт совсем не типичные.
Беспозвоночные
Фауна беспозвоночных представлена большим количеством южных и западных видов, которые находятся здесь на границах своего ареала. Основная часть данных по территории национального парка была получена еще в первой половине XX в., когда эта территория была частью Финляндии, поэтому собранные материалы хранятся в финских музеях.
Зоопланктон шхерной части включает 88 таксонов. По числу видов преобладают коловратки (Rotatoria) и кладоцеры (Cladocera). Состав зоопланктона является индикатором загрязнения вод Ладожского озера около г. Сортавала и пос. Ляскеля.
Зообентос насчитывает 108 видов беспозвоночных. Наибольшее видовое разнообразие отмечено для хиромонид (Chiromonidae). В количественном отношении донные сообщества на 50–70% состоят из олигохет (Oligochaeta). Обычны реликтовые ракообразные Gammaracanthus loricatus var. lacustris, Pontoporeia affinis, Pallasea quadrispinosa, Mysis oculata var. relicta.
В нижнем течении рек наблюдается повышение разнообразия водной фауны, что связано с ослаблением антропогенного воздействия в последние годы. Это зафиксировано также в водах Ладожского озера вблизи пос. Хийденсельга. В окрестностях г. Сортавала продолжается процесс деградации донных биоценозов.
Северное Приладожье отличается низкой численностью кровососущих насекомых по причине слабой заболоченности территории и множества открытых, хорошо продуваемых пространств.
Ихтиофауна
Ладожское озеро относится к сигово-корюшковому типу. Всего в Ладоге обитает 58 видов, подвидов и форм рыб. По данным исследований на территории парка встречаются 33 вида, хотя их число, вероятно, ближе к 50.
На Ладоге традиционно много рыбодобывающих организаций и предпринимателей. Основу улова в районе парка составляют ряпушка (Coregonus albula), сиг (Coregonus spp.), рипус (Coregonus albula m. ladogensis), лещ (Abramis brama), щука (Esox lucius), судак (Lucioperca lucioperca), плотва (Rutilus rutilus), окунь (Perca fluviatilis), корюшка (Osmerus eperlanus eperlanus), налим (Lota lota). Лососевые составляют менее 0,01% от общего вылова рыбы.
В число промысловых рыб Карелии внесены многие редкие или находящиеся под угрозой виды. Поэтому остро стоит вопрос об организации охраны ихтиофауны на территории национального парка и о рациональном использовании рыбных запасов Ладожского озера в целом.
Всего находятся под охраной 11 видов, в т.ч. красноперка (Scardinius erhytrophthalmus), жерех (Aspius aspius), линь (Tinca tinca), верховка (Leucaspius delineatus), чехонь (Pelecus cultratus). Крайне редко встречается атлантический осетр (Acipenser sturio), обитают озерный лосось (Salmo salar m. sebago), озерная форель, или кумжа (S. trutta m. lacustris), подкаменщик обыкновенный (Cottus gobio).
На территории парка находятся нижние участки русел нескольких лососевых рек, в которых, а также и в акватории Ладожского озера на расстоянии 1 км в обе стороны от их устьев и вглубь озера, разрешен лов только удочкой. Лов здесь запрещен с 25 мая по 10 июля в период ската молоди лососевых рыб. Некоторые реки относятся к числу важнейших лососево-форелевых и сиговых нерестовых рек Карелии.
Герпетофауна
На территории национального парка встречается 8 видов пресмыкающихся и земноводных, в том числе тритон гребенчатый (Triturus cristatus). Из них 1 вид – уж обыкновенный (Natrix natrix) занесен в Красную книгу Карелии.
Птицы
В Северном Приладожье (включая Валаамский архипелаг) отмечено 246 видов птиц с разным характером пребывания. На территории национального парка зарегистрирован 121 гнездящийся вид птиц. Суммарная плотность населения птиц на территории парка одна из самых высоких в Карелии (300–350 пар/км2 и более).
Повышенная плотность в Северном Приладожье характерна для видов птиц, относящихся к различным по происхождению орнитокомплексам. Состав орнитокомплексов типичен для условий среднетаежной и северотаежно-сибирской подзоны. Однако, в составе фауны заметно преобладание южных видов, относящихся орнитокомплексу европейских широколиственных лесов.
Большинство птиц (51 вид) относятся к числу дендрофильных видов. Синантропные птицы представлены 11 видами, обитателей открытых стаций (полей, лугов, свежих вырубок) 26 видов. В связи с низкой степенью заболоченности крайне обеднена фауна болотных птиц. Богато представлена фауна гидрофильных птиц – 32 вида.
Среди 48 южных видов, относящихся к орнитокомплексу европейских широколиственных лесов, повышенные показатели плотности характерны для таких типичных южан, как большая поганка (Pediceps cristatus), черный дрозд (Turdus merula), щегол (Carduelis carduelis), коноплянка (Cannabina cannabina) и др..
Достаточно обычны здесь также выпь (Botaurus stellaris), чирок-трескунок (Anas querquedula), красноголовый нырок (Aythia ferina), малая чайка (Larus minutus) и т. п. В последние годы здесь обнаружена высокая плотность серой утки (Anas strepera) и лысухи (Fulica atra), в том числе и на гнездовье.
В спелых и перестойных лиственных, а также в приспевающих смешанных лесах довольно высока гнездовая плотность белоспинного дятла (Dendrocopоs leucotos), иволги (Oriolus oriolus), малой мухоловки (Siphia parva) и зеленой пеночки (Phylloscopus trochiloides).
Среди 32 видов гидрофильных птиц наиболее многочисленны кряква (Anas platyrhynchos), чирок-свистунок (Anas crecca), гоголь (Bucephala clangula), хохлатая чернеть (Aythya fuligula). Острова и побережье изобилуют колониями чайковых птиц (Laridae). На одном из островов зарегистрировано гнездование чегравы (Hydroprogne caspia), которая расселяется в северную часть Ладожского озера с Балтийского моря.
Уникальной чертой Северного Приладожья является присутствие в составе гнездящихся птиц типичных представителей морской орнитофауны. В начале ХХ в. на внешних островах шхерного архипелага были известны гнездования таких арктических и северотаежных видов птиц, как гагарка (Alca torda), атлантический чистик (Cepphus grille), большой баклан (Phalacrocorax carbo), серощекая поганка (Pediceps griseigena), полярная крачка (Sterna paradisea), черный турпан (Melanitta fusca), морянка (Clangula hyemalis), обыкновенная гага (Somateria mollissima) и др. Глобальное потепление климата привело к резкому снижению их численности. В последние годы встречаются лишь единичные особи некоторых видов: черная казарка (Branta bernicla), синьга (Melanitta nigra), морянка, большой баклан и др.
Ладожское озеро является существенным препятствием на пути сухопутных мигрантов и, напротив, обширным пространством с благоприятными возможностями для отдыха и кормежки птиц, связанных с водной средой обитания. Шхерный район – место остановок водоплавающих (Gaviiformes, Anseriformes) птиц в весенний и осенний период, когда они завершают транзитный бросок через территорию Карелии.
На сельскохозяйственных угодьях весной формируются скопления мигрирующих гусей (Anser albifrons, A. fabalis, Branta leucopsis), уток (Anas spp., Nyrocinae), куликов (Charadriidae), чаек (Laridae), хищных (Falconiformes) и других птиц. В период миграций и расселения молодняка в Северном Приладожье появляется довольно много серых цапель (Ardea cinerea), особенно на участках побережья с развитыми зарослями тростника.
В период осеннего пролета стаи птиц обширной группы, включающей представителей отрядов Falconiformes, Charadriiformes, Columbiformes, Cuculiformes, Strigiformes, Apodiformes, Piciformes и Passeriformes, вылетая к берегу Ладожского озера, разворачиваются и двигаются далее параллельно береговой линии, которая играет роль направляющей.
В Красную книгу России внесены 7 видов птиц: гнездящиеся или гнездившиеся здесь ранее беркут (Aquila chrysaetos), скопа (Pandion haliaetus), сапсан (Falco peregrinus), орлан-белохвост (Haliaeetus albicilla), филин (Bubo bubo), а также летующая атлантическая черная казарка (Branta leucopsis) и пролетный малый лебедь (Cygnus bewickii). В Красную книгу Республики Карелия внесены 23 вида, но многие из них известны только на пролете.
Млекопитающие
Всего на территории проектируемого национального парка отмечено 49 видов млекопитающих. Наиболее полно представлены отряд Грызунов (19 видов) и Хищных (14 видов).
В составе фауны обычны виды очень широкого распространения – волк (Canis lupus), лисица (Vulpes vulpes), ласка (Mustela nivalis), выдра (Lutra lutra), барсук (Meles meles), а также представленные во всей лесной зоне – обыкновенная землеройка (Sorex araneus), рысь (Lynx lynx), бурый медведь (Ursus arctos), белка (Sciurus vulgaris), заяц-беляк (Lepus timidus), рыжая полевка (Clethrionomys glareolus), лось (Alces alces).
Из западноевропейских видов обычны черный хорек (Mustela putorius) и куница (Martes martes), из таежных («сибирских») видов – средняя бурозубка (Sorex caecutiens), несколько реже встречаются красная и красно-серая полевки (Clethrionomys rutilus, C. rufocanus).
По сравнению с остальной территорией Карелии фауна национального парка носит заметный южный облик, здесь встречаются такие типичные южане, как косуля (Capreolus capreolus), кабан (Sus scrofa), садовая соня (Eliomus quercinus), полевая мышь (Apodemus agrarius), мышь-малютка (Micromys minutus), обыкновенная полевка (Microtus arvalis), заяц-русак (Lepus europaeus), еж (Erinaceus europaeus).
В то же время характерные северные виды, например лесной северный олень (Rangifer tarandus fennicus), росомаха (Gulo gulo) и др. стали на этой территории очень редки или исчезли.
В данном районе встречаются не только аборигенные виды, но и интродуцированные человеком: ондатра (Ondatra zibethicus), канадский бобр (Castor canadensis), американская норка (Mustela vison), енотовидная собака (Nyctereutes procyonoides).
Прочими видами новых для фауны Карелии млекопитающих являются кабан (Sus scrofa) и косуля (Capreolus capreolus).
Синантропными видами, давно появившимися в регионе одновременно с освоением его человеком, являются домовая мышь (Mus musculus) и серая крыса (Rattus norvegicus).
В различные Красные книги внесены 19 видов млекопитающих, встречающихся на территории парка.
Только на территории парка в Карелии известна садовая соня (Eliomus quercinus).
Вся шхерная часть является местом размножения и нагула эндемичного ладожского подвида кольчатой нерпы (Phoca hispida ladogensis), внесенного в Красные книги МСОП, России, Карелии, Восточной Фенноскандии. В 1975 г. был введен полный запрет на добычу этих животных. Из 5 тыс. нерп, которые сейчас встречаются во всем Ладожском озере, на территории парка размножается 400–500 зверей. В летнее время насчитывается еще большее количество, что свидетельствует об исключительной роли парка в сохранении данного вида.